在刑事诉讼过程中，一案多个鉴定意见的处理是检察官、法官不可回避的疑难问题。一案多个鉴定意见，需要司法机关进行审慎审查，并决定采信哪个鉴定意见，科学采信了，案件能作出正确的处理，错误采信了，就容易造成错案。

法院是审判案件、定分止争的机关，它最终要对案件作出公正裁判，因此，法院在审理案件时，必须对一案多个鉴定意见作出是否采信的决定。人民法院司法技术部门的职责定位是基于其履行的工作职能与任务。“解决法庭科学问题”，主要是基于委托组织鉴定、技术性问题的调查与其他技术服务职能，“审查法庭科学争议”主要基于技术性证据的审核职能。法院对一案多个鉴定意见的处理，主要有以下几种路径：

对于法院审理的案件，如果涉及鉴定意见的审查，且鉴定意见的审查超出法官的知识范围，法官不能判断是否采用鉴定意见时，法官可以就鉴定意见向法院的技术人员咨询。咨询后，法院的技术人员给法官提供咨询意见来帮助法官采信鉴定意见。这种技术咨询，法院技术人员遇到情况较多。

2006年9月，最高人民法院出台了《最高人民法院关于地方各级人民法院设立司法技术辅助工作机构的通知》，规定高级人民法院与中级人民法院应根据实际工作需要设立独立建制的司法技术辅助工作机构，把司法技术审核作为其主要职能。证据必须查证属实才能作为定案的依据，技术证据的真伪、技术证据与案件事实有无联系以及技术证据的形式、技术证据的收集和运用是否符合法律规定必须经过严格的审查核准。

技术审核是对已经出具的司法鉴定意见进行审查、分析并作出判断的活动，对从事这项工作的专家资质、水平、能力的要求将超出普通鉴定人。随着社会的发展、技术的进步，法院需要借助社会力量进行技术审核。事实上，法院需要技术审核的专业、领域超过法院技术人员范围、能力时，就要借助社会力量进行技术审核。对于法院开庭时存在多份鉴定意见，法官或合议庭无法作出是否采信鉴定意见时，会把鉴定意见移送给法院的技术人员进行技术审核。技术审核，可以由法院的技术人员进行审核，也可以聘请由法院外的技术专家进行审核。技术审核也是法院处理一案多个鉴定意见的主要办法。技术审核工作的实质是人民法院司法技术部门或者其组织的相关专家对审判和执行工作中遇到的专门性问题通过审查提出专业方面的意见、建议，从而弥补合议庭或法官的专业知识不足。

根据《最高人民法院关于地方各级人民法院设立技术辅助工作机构的通知》，技术室的工作职能由自行鉴定转为对外委托。对外委托工作并非简单的“二传手”，而是审判、执行工作的延伸，是对涉案鉴定事项进行统一对外鉴定、评估、审计、拍卖，需要对机构出具的鉴定意见、评估报告、拍卖过程进行监督审核，需要对疑难案件咨询专业的鉴定机构、鉴定人员。法院审理的案件，开庭时有多份鉴定意见，检察机关以采信的鉴定意见作为公诉的证据，但被告人及其辩护人对检察机关的鉴定意见不予认可，法官经过技术咨询、技术审核不能决定是否采用鉴定意见时，法院依法可以将案件对外委托，进行重新鉴定，通过对外委托鉴定来解决争议问题。

法院具有依法审判案件的权力。2007年8月《最高人民法院技术咨询、技术审核工作管理规定》首次从规范层面明确了对技术性证据材料进行审核的性质、程序、效力等问题。在赋予审核职能的同时，并未赋予审核意见以法律效力，技术审核事实上并没有成为一种具有约束力的行为。对于一案多个鉴定意见，法院要综合全案的证据，依法作出裁判。